A origem do Município vem dos tempos coloniais. No ano 1758, através do Presidente da Província, Francisco Xavier de Mendonça Furtado, recebeu o título de Freguesia em cumprimento a Lei de 06 de junho de 1755, sob a invocação de São Sebastião. A denominação de “Boa Vista”, segundo relatos de antigos moradores, vem de uma visita do Dr. Ferreira Pena, que do lado da Matriz, olhando a paisagem – mar, ilhas, céu – teria exclamado: “De hoje em diante vocês devem chamar de SÃO SEBASTIÃO DA BOA VISTA, por essa linda paisagem”.
No ano de 1833 São Sebastião passou a fazer parte do município de Muaná, que naquela época era chamado Freguesia de São Francisco de Paula. Em 1868 voltou a possuir o título de Freguesia de São Sebastião, através da Lei n°. 584 de 23 de Outubro daquele mesmo ano.
Em 1872, através da Lei n°. 707 de 05 de Abril, foi-lhe concedido o título de Vila, criando-se assim, o respectivo Município que foi instalado em 07 de Janeiro de 1873 sob a Presidência de Possidônio Rodrigues de Mendonça, juramentado perante a Câmara de Curralinho. Mas a Lei n°. 994 de 18 de Abril de 1879, suprimiu-lhe a categoria de Vila, extinguindo-lhe o título de município, que, em 08 de Março de 1880, foi restaurado pela Lei n°. 903.
Em 07 de Janeiro de 1881, é feita a instalação da Câmara Municipal funcionado com 07 vereadores, mas o município de São Sebastião da Boa Vista continuou sofrendo pressões dos oficiais e com o advento da República, através da Lei n° 1.084 de 1882, o município voltou a ser extinto e permaneceu esquecido a sua reinstalação, que foi forçada pela Lei n°. 1.399 de 05 de Outubro de 1889.
Porém, em 1890, São Sebastião da Boa Vista estava com todas as suas prerrogativas administrativas adquiridas com a instalação do Conselho de Intendência Municipal, empossada a 07 de Abril do mesmo ano, composto de 01 Presidente e 04 Vogais.
Em 1922, novamente São Sebastião da Boa Vista voltou à condição de anexado ao território de Muaná através da Lei n°. 2.116 de 03 de Novembro, e com o Decreto n°. 4.505 de 30 de Dezembro de 1943, é restabelecido integralmente o Município de São Sebastião da Boa Vista.
